Mərkəz müstəqil struktur qurum olmaqla, Azərbaycan Respublikası Baş Prokurorluğunun idarəsidir. Elmi-nəzəri və praktiki tədqiqatların aparılması, proqramların, layihələrin, tövsiyələrin və digər sənədlərin elmi-hüquqi ekspertizasının keçirilməsi, Azərbaycan Respublikası Prokurorluğunun Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisində qanunvericilik təşəbbüsü (qanun layihələrini və başqa məsələləri Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin müzakirəsinə təqdim etmək), Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasının 130-cu maddəsinin III və IV hissələrində nəzərdə tutulmuş məsələlərlə əlaqədar Konstitusiya Məhkəməsinə sorğu verilməsi hüquqlarının həyata keçirilməsində iştirak, prokurorluq əməkdaşlarının ixtisaslarının, bilik və peşə səviyyələrinin artırılması üçün tədrisin təşkili, prokurorluq orqanlarına işə qəbulun və prokurorluq orqanları əməkdaşlarının attestasiyalarının keçirilməsinə hüquqi-texniki yardım, nəzəriyyənin və praktikanın müvafiq sahələrində ən son nailiyyətlər barədə məlumatlara prokurorluq orqanlarında olan tələbatın təmin olunması, tədqiqatların və tədrisin nəticələrinin prokuror və müstəntiq fəaliyyətinin təkmilləşdirilməsində istifadəsi məqsədilə yaradılmışdır.
Mərkəzin və onun struktur bölmələrinin, eləcə də dinləyicilərin hüquqi statusu və fəaliyyəti Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyası, Azərbaycan Respublikasının tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələr, «Prokurorluq haqqında» və «Prokurorluq orqanlarında qulluqkeçmə haqqında» Azərbaycan Respublikasının qanunları, Azərbaycan Respublikasının digər qanunvericilik aktları, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamları, Baş prokurorun əmr və göstərişləri, Mərkəzin Əsasnaməsi, Mərkəzin işçiləri, dinləyiciləri və müqavilə əsasında əməkdaşlığa cəlb edilənlər üçün intizam qaydaları, Azərbaycan Respublikası prokurorluq işçilərinin Etik davranış kodeksi və digər aktlarla nizama salınır. Mərkəz Əsasnaməsindən irəli gələn səlahiyyətləri çərçivəsində məsələləri müstəqil həll edir.
Mərkəzin işinin təşkili Azərbaycan Respublikası Baş Prokurorluğunun Kollegiyalarının qərarlarına, iş planına və təcrübəsinə uyğun həyata keçirilir. Mərkəzin elmi işlər və tədris planları Baş prokuror tərəfindən təsdiq olunur. Mərkəzin kafedra və laboratoriyaları öz işlərini Mərkəzin iş planına uyğun təşkil edirlər. Mərkəzin fəaliyyətinin idarə edilməsini onun rəisi həyata keçirir. Rəis hər hansı səbəbdən vəzifələrini icra edə bilmədikdə onun vəzifələrini müavini həyata keçirir. Mərkəzin rəisi Baş prokuror tərəfindən vəzifəyə təyin və vəzifədən azad olunur.
Mərkəzin səmərəli fəaliyyətinin və inkişafının təmin edilməsinə şərait yaradılması üçün rəisin rəhbərliyi ilə Mərkəzin daimi fəaliyyət göstərən seçkili orqanı - Elmi Şurası (bundan sonra - Şura) yaradılır. Şuranın tərkibinə Mərkəzin rəisi, rəis müavini, böyük prokurorları, kafedra rəisləri daxildirlər. Onlar Şura üzvlüyünə Mərkəzin rəisinin təqdimatı əsasında Baş prokuror tərəfindən təyin edilirlər. Eyni zamanda prokurorluğun digər struktur qurumlarının nümayəndələri və böyük elmi nüfuza malik alimlər gizli səsvermə (sadə səs çoxluğu) yolu ilə Şuraya üzv seçilə bilərlər. Şuranın tərkibi Baş prokuror tərəfindən təsdiq edilir, Mərkəzin rəisinin əmri ilə elan edilir.
Mərkəz tədris prosesini ixtisasartırma, prokurorluq orqanlarının gənc mütəxəssislərinin hazırlıq proqramları və əlavə peşə hazırlığı formalarında həyata keçirir. Elmi iş və tədris-tematik planlara uyğun olaraq, eləcə də Baş prokurorun tapşırığına əsasən Mərkəz müvəqqəti fəaliyyət göstərən Proqramlar, Fakültativlər və İşçi qruplar formasında müvafiq araşdırmaların aparılmasını təşkil edir.
Mərkəzin prokurorluq orqanları əməkdaşlarının ixtisaslarının artırılması üzrə fəaliyyəti prokurorların və müstəntiqlərin nəzəri və praktiki biliklərinin yenilənməsi və təkmilləşdirilməsi məqsədini daşıyır. Bu, ixtisas səviyyələrinə tələblərin artması və peşə fəaliyyətlərini həyata keçirərkən qarşıya çıxan məsələlərin həllinin müasir metodlarının və daha effektiv üsullarının öyrənilməsi zərurəti ilə bağlıdır. İxtisasartırma işçinin bütün əmək fəaliyyəti dövründə, zərurət olduqca, lakin 3 ildə bir dəfədən az olmayaraq Baş prokurorun müəyyən etdiyi müddətlərdə həyata keçirilir.
Dinləyicilər qismində Baş Prokurorluğun idarə və şöbələrinin rəisləri, rəis müavinləri (Baş prokurorun tapşırığına əsasən), böyük prokurorları, böyük prokuror-metodistləri, prokurorları, mühüm işlər üzrə böyük müstəntiqləri və müstəntiqləri, prokuror-kriminalistləri, tabe prokurorluq orqanlarının idarə (şöbə) rəisləri, onların müavinləri, digər prokurorluq işçiləri, ərazi və ixtisaslaşdırılmış prokurorlar, onların müavinləri, böyük köməkçiləri, prokuror-kriminalistləri, köməkçiləri, böyük müstəntiqləri və müstəntiqləri və digər vəzifəli şəxslər cəlb olunurlar.